操縱難題永磁發電機制成后不需外界動能就能維持其磁場強度，但也導致從外部調節、操縱其磁場強度極為艱難。這種使永磁發電機的運用范疇遭受了限制。可是，隨著MOSFET、IGBTT等電力電子元器件的系統工程的蓬勃發展，永磁發電機在運用中不用磁場強度操縱而只開展電動機輸出操縱。設計方案時必須塑料防靜電鑷子材料，電力電子元器件和計算機操縱3項新技術應用融合起來，使永磁發電機在全新的負荷下運行。

不可逆退磁難題假如設計方案和錯誤操作，永磁發電機在溫度過高(塑料防靜電鑷子永磁)或過低(鐵氧體永磁)時，在沖擊性電流形成的電樞反應功效下，或在劇烈的機械振動時有可能形成不可逆退磁，或叫失磁，使電動機特性降低，乃至不能運用。

從而，既要科學研究開發設計合適于發電機組制造廠商運用的檢查永磁材料熱穩定性的方法和裝置，又要剖析多種不一樣結構形式的抗去磁能力，便于在設計方案和生產時選用對應措施確保永磁式發電機組不會失磁。

成本難題由于稀土永磁材料目前的價格還比較貴，稀土永磁發電機組的價格一般比電勵磁式發電機組高，但這個價格會在電動機性能卓越和運行中得到較好的補償。在今后的設計方案中會根據實際運用的場合和規定，開展特性、價格的比較。

開展結構的創新和設計方案的優化，以降低制造成本。無可否認，現正在開發設計的發電機組的價格比目前通用的發電機組略高，可是大家堅信，隨著產品更進一步的完美，成本難題會得到有效的解決。